Ninja Duel là tựa game thủ tháp 2 trong 1 sở hữu đồ họa 2D với thiết kế màn hình dọc. Lối chơi của game cũng thật sự phá cách khi không chỉ gói gọn trong dòng thủ tháp truyền thống, trò chơi là sự kết hợp giữa thủ tháp và ghép 2. Bạn có thể triệu hồi các tháp của mình ngẫu nhiên trên bàn đấu, sau đó nâng cấp bằng cách ghép 2 tháp cùng loại với nhau.
Các trận chiến trong Ninja Duel là đều đối kháng trực tiếp thời gian thực với người chơi toàn thế giới. Để chiến thắng bạn cần phải là người sống sót sau cùng hoặc tiêu diệt quái vật nhanh hơn, nhiều hơn đối phương.
Có một cách khác để nâng cấp sức mạnh tháp là tăng cấp trực tiếp cho tất cả các tháp cùng nguyên tố đó, tuy nhiên số tài nguyên tiêu hao là tương đối lớn và sẽ tăng dần lũy tuyến theo số cấp mà bạn tăng.
Trong Ninja Duel ở phiên bản đầu tiên có đến hơn 30 loại tháp khác nhau, chia làm 5 nguyên tố chính, khi ra trận bạn sẽ chỉ được lựa chọn một loại tháp cho mỗi nguyên tố. Mỗi loại tháp đều có kỹ năng riêng biệt có sự liên kết gần gũi với nguyên tố đó ví dụ như băng sẽ làm chậm, lửa sẽ gây sát thương lan hoặc đốt cháy.
