Cốt truyện Half-Life 2 kể về 20 năm sau ngày Trái đất đầu hàng lực lượng Combine, gã G-Man bí ẩn đánh thức Gordon Freeman. Hắn ta ném Gordon lên một đoàn tàu hỏa hướng đến City 17, một thành phố nằm dưới sự kiểm soát của Combine đâu đó ở Đông Âu.
Chào mừng bạn đến với City 17.
Thứ đầu tiên mà Gordon nhìn thấy khi đặt chân lên mặt đất sau 20 năm không phải là tiếng reo hò đón chào người hùng đã cứu nhân loại thoát khỏi những sinh vật ngoài hành tinh, mà là lời chào của Wallace Breen, “tổng quản” của Trái đất. Anh bị một Civil Protector tách khỏi những hành khách bình thường khác và dẫn vào một phòng hỏi cung, nhưng trước khi có chuyện rủi ro xảy ra, gã Civil Protector để lộ ra khuôn mặt của Barney Calhoun, bạn cũ của Gordon Freeman tại Black Mesa hơn 20 năm trước.
Những hành trình bất đắc dĩ
Nhờ Barney, Gordon bắt liên lạc được với tiến sĩ Isaac Kleiner, thầy của mình và quyết định đến nơi tiến sĩ Isaac đang thực hiện các nghiên cứu. Tuy nhiên, một cuộc săn đuổi bất ngờ nổ ra, anh bị bắt bởi những Civil Protector khác trước khi được giải cứu bởi một cô gái có tên Alyx Vance. Cô dẫn đường anh đến với phòng thí nghiệm của tiến sĩ Isaac, nơi anh được nhận lại bộ giáp H.E.V. Suit quen thuộc của mình. Họ cũng giúp Gordon Freeman “bắt kịp thời đại” khi cho anh biết về những gì đã xảy ra trong suốt 20 năm qua, về Cuộc Chiến Bảy Giờ và sự đầu hàng của Liên Hiệp Quốc.
Gặp lại Barney Calhoun.
Bạn có biết rằng những nhà khoa học thiên tài thường lập dị, “lắm tài nhiều tật”? Tiến sĩ Isaac có thể không thiên tài, nhưng ông ta chắc chắn… nhiều tật như Einstein. Khi Alyx và Gordon chuẩn bị truyền tống đến khu Đông Black Mesa để làm việc cùng những nhà khoa học còn sống sót khác, chú thú cưng quậy phá của tiến sĩ Isaac – một con Headcrab có tên Lamarr – đã phá hỏng máy dịch chuyển, khiến Gordon xuất hiện ngay trong văn phòng của Wallace Breen. Breen lập tức báo động cho lực lượng Combine bởi ông ta tin rằng Gordon là một mối đe dọa lớn.
Trục trặc của cỗ máy đưa Gordon hạ cánh rất xa điểm đến ban đầu, buộc anh phải lần mò trong những đường cống ngầm và sông ngòi khô cạn của City 17, với vũ khí duy nhất là chiếc xà beng đáng tin cậy được Barney trao. Hệ thống đường cống ngầm này cũng là nơi lực lượng kháng chiến đặt các trạm tiếp tế và hệ thống đường ngầm cho những người muốn thoát khỏi thành phố.
Bản đồ các đường cống ngầm và sông ngòi của City 17
Ở đích đến của hành trình, Gordon được Arlene, một thành viên lực lượng kháng chiến trao chiếc Airboat, một tàu đệm khí đơn giản nhưng vô cùng hữu dụng làm công cụ hướng đến Black Mesa. Trên chiếc tàu này, vị tiến sĩ cho thấy mình không chỉ biết nghiên cứu và bắn giết, mà còn là một tay lái siêu phàm ngay cả khi dưới làm bom đạn của chiếc Hunter Chopper.
Đông Black Mesa
Sau nhiều pha động não và cả động thủ, Gordon đến được Đông Black Mesa. Anh gặp tiến sĩ Judith Mossman – một người phụ nữ thông minh, Eli Vance – một nhà nghiên cứu Black Mesa và là cha của Alyx. Tại đây, Gordon gặp được món vũ khí thứ hai của đời mình: khẩu súng trọng lực Gravity Gun, mở đường cho vô số những trò vui mà bạn có thể thực hiện với các vật thể xung quanh trong suốt nhiều chuyến phiêu lưu sắp tới. Anh cũng được Alyx giới thiệu với Chó, thú cưng của Alyx và là người bảo vệ cô.
Alyx Vance trao Gravity Gun cho Gordon Freeman.
Cũng tại Đông Black Mesa, Gordon Freeman được biết về những gì đã xảy ra trong giấc ngủ của anh, về tình trạng của thế giới, cuộc sống của con người và hậu quả của vụ tai biến Black Mesa. Tuy nhiên, nơi này nhanh chóng bị lực lượng Combine tấn công, và Alyx cùng Chó bị tách rời. Để trốn thoát, Gordon buộc phải sử dụng một đường hầm thông đến Ravenholm, một nơi mà không ai muốn nhắc đến.
Ravenholm
Vốn là một thị trấn lẻ loi bên bờ biển, cư dân nơi đây sống trong yên bình một thời gian ngắn ngay cả khi Trái đất đã nằm trong sự kiểm soát của Combine. Tuy nhiên, nó bị phát hiện bởi Overwatch của City 17, và hắn bắn vào thị trấn hàng trăm phát đạn Headcrab Shell, biến toàn bộ dân số của nó thành Zombie. Do nơi này thông với Đông Black Mesa, lực lượng kháng chiến sử dụng các trụ súng đánh cắp từ Combine và cắt cử người canh gác để ngăn zombie từ Ravenholm xâm nhập.
Zombie trên đường phố Ravenholm
Bên trong Ravenholm là một địa ngục trần gian với zombie lang thang khắp nơi, nhưng vẫn có một số người sống sót và tự vệ bằng những cái bẫy đặt rải rác trong thị trấn dưới sự lãnh đạo của Cha Grigori. Những cái bẫy này được thiết kế cho người sống có thể dễ dàng nhận ra và tránh né, trong khi zombie dễ dàng vướng phải. Cha Gregori cũng phân chia các khu vực trong thị trấn thành nhiều phần nhỏ bằng hàng rào gỗ và thép để tiêu diệt zombie được dễ dàng hơn. Vị linh mục này không được bình thường bởi những gì đã xảy ra, nhưng ông giúp Gordon sống sót thoát khỏi Ravenholm và tặng anh khẩu Spas-12 quen thuộc.
Nova Prospekt
Sau khi thoát khỏi Ravenholm, Gordon biết được rằng tiến sĩ Eli Vance đã bị đưa đến Nova Prospekt, một nhà tù cũ nay được cải tạo bởi lực lượng Combine “thành một thứ còn ghê tởm hơn.” Để giải cứu tiến sĩ Eli, Gordon phải băng qua Cao tốc 17. Con đường này đã hư hỏng nặng, được tuần tra bởi binh sĩ Combine thực thụ và cũng là nơi sinh sống của Antlion, những thú săn mồi hung hãn với cấu trúc xã hội của loài kiến từng được nuôi dưỡng bởi Vortigaunt.
Một tổ Antlion
Vượt qua được Cao tốc 17, Gordon xông thẳng vào Nova Prospekt với sự trợ giúp của lũ Antlion nhờ sở hữu “công nghệ” điều khiển Antlion của Vortigaunt – quả cầu Pheropod. Bên trong khu phức hợp này, anh gặp lại Alyx Vance và khám phá ra rằng tiến sĩ Judith thực ra là một gián điệp của Combine, làm việc cho Wallace Breen.
Antlion vs Combine
Trong khi lũ Antlion quậy tưng Nova Prospekt, Alyx và Gordon chia nhau tìm kiếm Eli và Judith, nhưng thất bại ở phút cuối khi Judith dịch chuyển mình và tiến sĩ Eli đến Citadel, bỏ hai nhân vật chính ở lại. Họ phải chống đỡ cuộc tấn công của lực lượng Combine, tìm cách kích hoạt máy dịch chuyển để trở lại phòng thí nghiệm của tiến sĩ Isaac.
Mồi lửa cho cuộc nổi dậy
Dù đã được phát triển từ lâu, công nghệ dịch chuyển tức thời vẫn chưa hoàn thiện và thường xuyên có những tình huống bất ngờ. Khi Gordon và Alyx an toàn thoát đi, cuộc giao hỏa của họ với lực lượng Overwatch đã gây hư hỏng cho thiết bị dịch chuyển của Nova Prospekt, dẫn đến những hậu quả khôn lường.
Khi trở về phòng thí nghiệm của tiến sĩ Isaac bằng chính cỗ máy dịch chuyển mà Judith đã sử dụng, Gordon và Alyx nhận ra rằng lần “dịch chuyển tức thời” này đã kéo dài… một tuần, và nó tạo ra một vụ nổ hủy diệt Nova Prospekt, khiến lực lượng kháng chiến tin rằng thời cơ để phản kháng đã đến. Đại đa số dân cư City 17 tham gia kháng chiến, và biến thành phố thành bãi chiến trường. Họ kiểm soát phần lớn thành phố, trong khi lũ Combine vẫn giữ những khu vực quan trọng, bao gồm Citadel.
City 17 biến thành bãi chiến trường.
Trước tình hình đó, Gordon tham gia vào cuộc chiến trong khi Alyx tìm cách đưa tiến sĩ Isaac rời thành phố. Sau khi tiến sĩ Isaac thoát đi, Alyx trở lại để giúp Gordon nhưng bị bắt giữ và đưa đến Citadel. Gordon và Barney tìm ra vị trí của Overwatch Nexus, nơi đặt sở chỉ huy tạm thời của Combine và quyết định tấn công vị trí đầu não này.
Một cuộc chiến khốc liệt nổ ra, giữa một bên là con người bình thường và bên kia là Strider và Gunship của Combine. Con người giành được chiến thắng tạm thời, trong khi Gordon Freeman len lỏi trong đường cống ngầm bên dưới thành phố để tìm đường vào Citadel.
Citadel
Gordon xâm nhập vào Citadel nhưng khi bước qua cánh cổng an ninh đầu tiên, hệ thống nhận diện đã bắn một trường điện từ làm mọi loại vũ khí thông thường mà anh mang theo đều bị tiêu hủy, trong khi khẩu Gravity Gun lại được cường hóa một cách bí ẩn. Giờ đây nó có thể nâng những vật thể nặng hơn từ khoảng cách xa hơn, và thiêu hủy vũ khí của kẻ địch tương tự như cánh cổng an ninh đã làm với vũ khí của Gordon.
Vũ khí của Gordon bị thiêu hủy.
Với món vũ khí duy nhất còn sót lại, người hùng của chúng ta thẳng tiến không lùi, tiêu diệt hàng sư đoàn lính Combine và lên đến tầng cao nhất của Citadel, nơi Wallace Breen ngự trị. Anh gặp lại Judith, và cảm giác tội lỗi đã khiến Judith thả Eli, Alyx và Freeman sau khi biết được Breen có kế hoạch giết cả ba người. Breen muốn bỏ chạy đến Overworld, nhưng Gordon sử dụng khẩu Gravity Gun để phá hoại lò phản ứng trên đỉnh Citadel và khiến nó phát nổ, mặc cho lời van xin và đe dọa của Breen.
G-Man xuất hiện để cứu Freeman khỏi vụ nổ lò phản ứng.
Ngay trong khoảnh khắc lò phản ứng bùng lên trong một quả cầu lửa rực rỡ, G-Man xuất hiện, kịp thời ngăn chặn cái chết của Gordon. G-Man bỏ lại Alyx trong vụ nổ, và nói với Gordon rằng hắn sẽ đặt anh vào trạng thái ngủ đông một lần nữa trong khi hắn đang xem xét một vài “công việc” cho Gordon. Một điều rất thú vị là trước khi gặp nhau trên đỉnh Citadel, Breen từng nói với Gordon rằng “anh có biết hợp đồng của anh là dành cho kẻ trả giá cao nhất hay không,” ám chỉ rằng Breen biết điều gì đó về G-Man và những “thân chủ” mà hắn giao tiếp.
