Trong giấc ngủ thứ hai của mình, Gordon Freeman có lẽ đã rất vui mừng khi anh nhận ra rằng trong vụ nổ lò phản ứng Dark Fusion Reactor, Alyx Vance đã thoát nạn nhờ sự giúp đỡ của những Vortigaunt bao phủ trong một luồng sáng tím kỳ lạ. Và rồi một nhóm Vortigaunt khác xuất hiện để ngăn chặn G-Man và giải cứu Gordon, giúp cả hai rời khỏi trạng thái đông cứng trong dòng thời gian của mình.
Episode 1 khởi đầu khi Gordon mở mắt bên ngoài Citadel, bị chôn vùi bên dưới đống đổ nát. Anh được Chó cứu và gặp lại Alyx trong sự bất ngờ của tiến sĩ Eli Vance, bởi ông từng nói với con gái mình rằng sẽ không ai có thể tìm được Gordon. Tuy nhiên đây không phải là lúc để ôn chuyện, bởi lõi của Citadel sẽ bùng nổ bất kỳ lúc nào, san phẳng cả City 17. Tiến sĩ Kleiner cho rằng cách duy nhất để mọi người sống sót là trở lại Citadel để trì hoãn vụ nổ, trong khi Eli Vance vô cùng lo lắng cho con gái mình nhưng không thể làm gì hơn.
Sau một chuyến xe bay bão táp nhưng ngắn ngủi nhờ sự giúp sức của Chó, Alyx và Gordon trở lại với Citadel. Tại đây, họ bắt gặp một đoạn băng ghi hình cũ của Breen nói rằng hắn ta không thể giao Trái đất cho lực lượng Combine nếu không được giúp đỡ, và Breen đồng ý thay đổi thân thể của mình nếu cần thiết bởi Gordon đang ở rất gần. Cũng vào lúc này, Gordon và Alyx phải chịu một vụ “nổ tâm linh” khi một Combine Advisor được chuyển qua phòng điều khiển họ đang ở.
Nhưng vào lúc này, cả hai chưa biết được đó là gì, và tiếp tục lên đường đi sâu vào trung tâm Citadel để đến với lò phản ứng. Nơi đây vẫn được bảo vệ bởi binh sĩ Combine, một số Stalker và drone, nhưng tất cả đều không phải là đối thủ của mọt sách Gordon Freeman cùng khẩu súng trọng lực. Gordon thành công “xoa dịu” lò phản ứng để trì hoãn vụ nổ.
Ngay lúc này, cả hai nhận được tin từ tiến sĩ Judith Mossman rằng đội ngũ của bà đã tìm ra một dự án bí mật, nhưng Judith bị tấn công và buộc phải cắt đứt thông tin trước khi Combine và Hunter xông vào nơi Judith đang ẩn trốn. Với Alyx, nếu dự án đó có thể khiến lực lượng Combine dồn toàn lực tranh giành trong tình trạng hỗn loạn hiện tại, nó đủ quan trọng để quân kháng chiến ngăn cản điều đó xảy ra.
Sau khi báo tin cho tiến sĩ Kleiner và cha mình, Alyx cùng Gordon sử dụng một chiếc Razor Train chuyên chở Stalker để thoát khỏi Citadel. Cô nhận ra rằng những Combine đầu não còn sót lại trên Trái đất cũng đang muốn sử dụng lò phản ứng để gửi tín hiệu cầu cứu đến lực lượng chủ lực ở những vũ trụ khác.
Lại một lần nữa, Gordon Freeman chứng tỏ mình… số đen khi chuyến xe chở anh và Alyx trật đường ray, buộc cả hai phải chiến đấu trong những đường hầm, bãi đậu xe ngầm bên dưới thành phố trong khi tìm đường trở lại bề mặt. Trên hành trình, họ gặp những binh sĩ Combine bị khống chế bởi Headcrab – điều cho thấy Combine đã mất khả năng kiểm soát City 17. Dĩ nhiên cả trên mặt đất cũng không an toàn, bởi lũ Headcrab đã biến những đống đổ nát của City 17 thành nơi ở mới.
Sau rất nhiều vỏ đạn và xác Combine, Gordon cùng Alyx gặp lại Barney Calhoun cùng những người sống sót khác đang chuẩn bị rời City 17, và cả cây xà beng quen thuộc của mình. Tuy nhiên lũ Combine vẫn đang bám sát, buộc cả hai phải làm mồi để dẫn dụ chúng khỏi nhóm người sống sót.
Bên trong một bệnh viện bỏ hoang, lũ Combine đã dựng nên rất nhiều chướng ngại và bẫy rập nhằm tiêu diệt Gordon, nhưng tất cả đều thất bại. Trong khi đó, Barney và những cư dân City 17 an toàn đến được nhà ga xe lửa, và họ sẵn sàng để rời thành phố trên một chuyến xe còn hoạt động. Các nhân vật chính của chúng ta “lùa” những người sống sót lên xe, và một lần nữa cả hai lại tình nguyện ở lại ngăn cản lũ Combine trong khi xe lửa chở những người sống sót và Barney rời thành phố.
Sau khi tiêu diệt tất cả những tên Combine đuổi theo mình, Gordon và Alyx lên chuyến xe lửa cuối cùng để rời City 17. Khi đoàn tàu lăn bánh, Citadel sừng sững trên nền trời phía sau lưng họ một thời gian ngắn, đủ để tin nhắn cầu viện của Combine được gửi đi và hàng loạt Combine Advisor thoát đi trước khi tòa tháp này nổ tung trong một quả cầu năng lượng chói lòa.
À, Mọt game đã nhắc đến chuyện Gordon là khắc tinh của những chuyến xe chưa nhỉ? Một lần nữa, chiếc xe lửa chở Gordon lại lật tung, lần này là vì lò phản ứng của Citadel phát nổ, thổi bay mọi dấu vết của con người lẫn Combine. Thứ cuối cùng mà Gordon nghe được là tiếng vặn gãy của kim loại và sau đó, mọi thứ chìm vào… dòng credit của game, chấm dứt Half-Life 2: Episode 1.
======
Stalker là gì? Nếu như những kẻ hợp tác với Combine trở thành Civil Protector hoặc Combine Soldier, những người tham gia kháng chiến, chống đối Combine mạnh mẽ hoặc chỉ đơn giản là không may “ở nơi sai lầm vào thời điểm sai lầm” sẽ trở thành Stalker. Bản thân Barney Calhoun cũng suýt nữa trở thành một Stalker, và anh đã cứu Gordon khỏi bị gửi đến Nova Prospekt trên chuyến xe kế tiếp ở đầu Half-Life 2.
Sau khi được đưa vào Nova Prospekt, họ chỉ còn mang chút hình người sau những chỉnh sửa thô bạo bằng công nghệ sinh học của Combine, với dây thanh, hệ tiêu hóa và cơ quan sinh dục bị gỡ bỏ, tay chân bị cắt rời và trí tuệ chỉ còn đủ để điều khiển những máy móc bên trong Citadel. Stalker bị đối xử như “đồ vật” hơn là “sinh vật”, và có thể bị “tắt máy, đóng thùng” bằng cách đóng hai tấm kim loại che mắt trên khuôn mặt của họ.
