Cốt truyện Diablo 3 tiếp diễn sang chương 3 với việc Azmodan hé lộ nơi xuất quân của mình là đỉnh Arreat. Đợt tấn công tổng lực này sẽ là đòn cuối cùng được tung ra và quân địa ngục sẽ tràn ngập Thánh Vực, Azmodan sẽ là chúa tể địa ngục nếu chiếm được viên Black Soulstone.
Act 3 – Sự thật cuối cùng và kết cục đau lòng
Cả nhóm đến pháo đài Bastion và chứng kiến nó đang bị tấn công ác liệt bởi lực lượng của Azmodan. Quân thủ thành chỉ toàn người trần mắt thịt nên dù có chiến đấu can trường họ vẫn bị đẩy lùi từng giây một. Tyrael nhanh chóng đề nghị Nephalem hỗ trợ quân lính tái lập phòng thủ pháo đài.
Khi họ vào được bên trong thì pháo đài gần như thất thủ, Nephalem phải làm từ những việc cơ bản nhất như đốt pháo hiệu liên lạc giữa các vị trí phòng thủ và hỗ trợ tái khởi động dàn máy bắn đá phòng thủ. Sau khi tái lập phòng thủ trên đỉnh pháo đài, Nephalem tiếp tục được đề nghị giúp tiêu diệt đám quỷ đã phá tường tràn vào bên trong các tầng thấp của pháo đài Bastion. Trong cuộc chiến, họ đã tiêu diệt được kẻ cầm đầu đợt tấn công là Ghom – Lord of Gluttony.
Lúc này, quân Azmodan bị đẩy ra khỏi pháo đài và chiến tuyến được dời ra phần chiến địa phía ngoài. Nephalem tiếp tục hỗ trợ quân phòng thủ pháo đài tấn công ra ngoài và đánh dài đến nơi bọn chúng chui ra ở Arreat Crater. Để ngăn chặn dòng quân địa ngục tràn ra, họ phải tiêu diệt quả tim tội lỗi được đặt sâu trong lõi của Arreat Crater và được canh giữ bởi Cydaea – Maiden of Lust.
Nephalem đánh liền một mạch tiêu diệt Cydaea và tiến vào trong tiêu diệt luôn Azmodan, Leah hoàn tất hút phần hồn của hắn vào Black Soulstone và trở về Bastion. Tyrael nói rằng với tất cả linh hồn của 7 chúa quỷ lãnh đạo Hỏa Diệm Ngục đã nằm trong Black Soulstone, chỉ cần phá hủy viên đá thì cuộc chiến vĩnh hằng sẽ kết thúc.
Tuy nhiên khi trở về Bastion, họ phát hiện Adria đã phản bội họ. Bà ta nói rằng đã theo phe Diablo ngay từ đầu và đã mang thai Leah với Dark Wanderer (tức hoàng tử Aidan bị Diablo điều khiển) chỉ nhằm mục đích tạo ra một thân xác phù hợp để làm nơi nhập hồn trở lại cho Diablo. Adria đã bơm tất cả linh hồn của 7 chúa quỷ vào người Leah và thân xác Leah biến thành Diablo, Leah chính thức bị giết chết.
Adria được lệnh cho lui, Diablo giờ đây là một chúa quỷ mới với tổng lực sức mạnh của cả 7 chúa quỷ địa ngục nên mạnh hơn xưa gấp nhiều lần. Hắn liền mở cửa dịch chuyển tấn công trực tiếp lên Thượng Đẳng Thiên Giới. Tyrael và Nephalem lập tức nhảy theo vào cổng dịch chuyển để ngăn chặn Diablo.
Act 4 – Thiên đường nhuộm đỏ
Diablo dưới hình hài của Leah bước đến cổng thiên đàng (Diamond Gate), phía sau là một đám khói mù cho thấy lực lượng địa ngục đang sẵn sàng tấn công. Imperius xông ra tấn công và đốt cháy thân xác Leah khiến Diablo trở về hình dạng thật. Tuy nhiên với sức mạnh tổng hợp của 7 ác quỷ trong người, Imperius bị đánh bại chỉ trong 2 đòn và theo đó, cổng thiên đàng cũng bị phá sập.
Tyrael và Nephalem đến được cổng thiên đàng thì gặp Imperius (hiện thân của lòng can đảm). Imperius đổ tội cho Nephalem và Tyrael đã gây nên thảm trạng này (do bị lừa gián tiếp tiếp tay cho Diablo hồi sinh) khiến Tyrael rơi vào tình trạng hoang mang tuyệt vọng.
Nephalem thì ngược lại, quyết tâm truy đuổi Diablo tới cùng nên đã xông vào thiên đàng đang đỏ lửa để ngăn chặn đội quân địa ngục. Người anh hùng của chúng ta đã đánh bại ác quỷ Iskatu và gặp được tổng lãnh thiên thần Itherael (hiện thân của số mệnh) và được chỉ dẫn đi cứu tổng lãnh thiên thần Auriel (hiện thân của hy vọng) đang bị ác quỷ Rakanoth tấn công.
Sau khi cứu được Auriel, hy vọng của thiên đàng được phục hồi, Nephalem tiếp tục ngăn chặn đội quân địa ngục bằng cách đi khóa các cổng dịch chuyển được quân địa ngục mở ra để đưa quân lên thiên đàng. Nephalem chui qua các cổng này và khóa chúng từ bên trong khiến quân địa ngục mất viện binh và cuộc tiến công bị chậm lại.
Lúc này, Tyrael đã bước qua cơn khủng hoảng và quyết tâm ngăn chặn Diablo cùng với mọi người. Nephalem cùng Tyrael tiến về phía Crystal Arch, cội nguồn sức mạnh của Thượng Đẳng Thiên Giới, nơi mà Diablo sẽ đến để phá hủy. Họ gặp lại thiên thần sa ngã Izual, kẻ đã phản bội Tyrael để trở thành tay sai của địa ngục và đánh bại hắn.
Cuộc chiến cuối cùng của Nephalem và Diablo diễn ra trước khi hắn kịp phá hủy Crystal Arch. Trận đánh ác liệt diễn ra kéo dài nhưng cuối cùng Diablo cũng yếu sức trước Nephalem và bị đánh ngã từ thiên đường rơi xuống mặt đất. Thân xác của Diablo tàn lụi và cuối cùng chỉ còn lại viên Black Soulstone chạm xuống mặt đất nguyên vẹn.
Trước chiến thắng này, Tyrael quyết định quay lại với Hội Đồng Đạo Angiris (Angiris Council) trong tư cách mới là hiện thân của trí tuệ nhưng vẫn giữ hình hài con người nhằm thiết lập một liên minh vĩnh hằng giữa thiên thần và nhân loại.
Cho đến lúc này, tất cả các tổng lãnh thiên thần trong Hội Đồng Đạo Angiris đều xuất hiện trừ 2 nhân vật vắng mặt là Inarius đang bị giam ở địa ngục và Malthael, hiện thân của trí tuệ (cũ) đã bỏ đi đâu không rõ. Đây chính là tiền đề để cốt truyện Diablo 3 Reaper of Souls (Act 5) diễn ra.
Act 5 – Có một thiên thần “tự sa ngã”
Cốt truyện Diablo 3 được nối tiếp với bản mở rộng Reaper of Souls kể về vị tổng lãnh thiên thần còn lại chưa lộ diện: Malthael. Sau khi Diablo bị đánh bại và tất cả những gì còn sót lại là viên Black Soulstone nhốt linh hồn của 7 đại ác quỷ địa ngục. Cuộc chiến vĩnh hằng xem như kết thúc khi Hỏa diệm Ngục không còn lãnh đạo, Tyrael gấp rút hoàn tất công việc cuối cùng để đảm bảo chiến thắng này là mãi mãi.
Lo sợ giá trị quá lớn của viên Black Soulstone sẽ khơi gợi lòng tham của bất kỳ ai, Tyrael cùng các đạo hữu của hội Horadrim quyết định phong ấn viên đá sâu dưới hầm mộ của vua Rakkis tại Westmarch để không ai có thể chạm đến viên đá và thả linh hồn 7 đại ác quỷ ra cho chúng đi hồi sinh nữa.
Thiên thần và ác quỷ vốn bất tử với sự vận hành của 2 linh vật là Crystal Arch (thiên đường) và một vật chưa rõ nằm trong Black Abyss (địa ngục). Từ nơi đây khi một thiên thần hoặc ác quỷ chết, linh hồn của chúng sẽ quay lại cội nguồn này và khai sinh ra một thực thể mới. Vì vậy việc bắt nhốt linh hồn 7 đại ác quỷ sẽ khiến chúng không thể hồi sinh nhưng nếu thả linh hồn ra chúng sẽ quay trở về Black Abyss và 7 đại ác quỷ mới sẽ được tái tạo.
Tuy nhiên khi họ vừa đặt viên đá vào vị trí, một bóng đen xuất hiện, đó chính là Malthael. Hắn ta lập tức giết chết các thành viên Horadrim, Tyrael chỉ bảo vệ được một người cuối cùng là Lorath Nahr. Tyrael sai Lorath Nahr chạy đi tìm Nephalem báo tin trong khi ông ta ở lại cầm chân Malthael.
Tất cả những thành viên Horadrim còn lại đều bị một loại phép thuật đen tối của Malthael hút linh hồn ra khỏi thể xác, Tyrael cũng phải nếm trải một chút điều tương tự nhưng được tha vào phút cuối. Malthael đắc thắng lấy viên Black Soulstone bỏ đi với tuyên bố “chẳng ai ngăn cản được cái chết cả”. Malthael đã không còn là hiện thân của trí tuệ nữa mà trở thành hiện thân của thần chết.
Lorath Nahr gặp Nepalem tại một khu vực rìa thành phố Westmarch đúng lúc đội quân chết chóc của Malthael tấn công. Các cửa ra đều bị chặn nên Nephalem chỉ còn cách đi sâu vào thành phố tìm Malthael và kết thúc cơn ác mộng này.
Trên đường đi, Nephalem chứng kiến người dân và binh lính trong thành lần lượt bị ma pháp của Malthel hút linh hồn và biến thành những chiến binh chết chóc. Nephalem đi qua hệ thống cống ngầm và đến được giáo đường của hội Zakarum, tổ chức khai sinh ra những chiến binh Crusader, và gặp Tyrael ở đó.
Tyrael giải thích rằng với sự ra đi của Diablo, thứ duy nhất còn dính đến ác quỷ trong thế giới này là một nửa phần quỷ bên trong loài người (vốn là sản phẩm lai tạo giữa thiên thần và ác quỷ). Malthael muốn dùng Black Soulstone rút hết phần quỷ bên trong tất cả con người ra, điều đó sẽ dẫn đến hủy diệt toàn bộ loài người và mang chiến thắng tuyệt đối về cho Thượng Đẳng Thiên Giới.
Trong khi Malthael lấy viên đá, một mảnh nhỏ của nó bị rơi ra và Tyrael sẽ tìm manh mối kế hoạch của Malthael từ đây, riêng Nephalem sẽ đi vào thành phố và phá hủy các sắp đặt của Malthael để cứu Westmarch. Malthael đã đặt 2 vật hút linh hồn trong thành phố để hút lấy linh hồn của người chết, Nephalem đã tìm ra và phá hủy chúng nhằm ngăn chặn việc tiếp tục biến người dân thành ma.
Để ngăn chặn cuộc tấn công vào thành phố, Nephalem phải đánh bại kẻ chỉ huy cuộc tấn công là Urzael, một phó tướng tin cẩn của Malthael. Nephalem đã truy tìm hắn đến Tower of Korelan và tiêu diệt hắn tại đây.
Trong cuộc phiêu lưu của mình, Nephalem đã cứu được Myriam Jahzia, người này đã tiết lộ tung tích của mụ phù thủy Adria. Theo đó, mụ tiếp tục tìm cách hồi sinh Diablo và lần theo dấu vết của Malthael để chiếm lại Black Soulstone. Nephalem truy đuổi mụ vào sâu trong một phế tích cổ ngoài rìa Westmarch.
Sau khi chạm mặt, Adria biến hình thành một con quỷ và khoe rằng Diablo đã cho mụ một điềm báo về việc hắn sẽ hồi sinh trong tay của Nephalem. Hạ gục Adria và báo thù cho Leah thành công, từ những lời nói của Adria giúp Nephalem biết được Malthael đang ở pháo đài Pandemonium chuẩn bị cho việc kích hoạt Black Soulstone tiêu diệt loài người.
Tyrael sau khi nghe kể về vị trí của Malthael đã nhanh chóng dẫn Nephalem trở lại thiên đàng với ý định sử dụng cổng vào Pandemonium từ đây nhưng cổng này đã bị tấn công bởi đội quân các thiên thần chết của Malthael. Tức giận vì Malthael dám tấn công cả thiên đàng, Imperius quyết định giúp Nephalem bằng cách mở lối cho người anh hùng đi qua chiến trường vĩnh hằng và hướng dẫn cách phá cửa pháo đài Pandemonium bằng xe công thành.
Sau khi vào được bên trong pháo đài, Nephalem tìm được Malthael ở trung tâm của Pandemonium cùng viên Black Soulstone. Sau một trận chiến ác liệt, biết mình có nguy cơ thua nên Malthael phá hủy Black Soulstone và hút hết linh hồn cùng sức mạnh của 7 đại ác quỷ vào người với hy vọng thắng được Nephalem. Điều này cũng khiến lời mụ Adria nói lúc trước trở nên chính xác, 7 đại ác quỷ được giải phóng và sẽ hồi sinh bởi tay của Nephalem.
Cuối cùng Malthael vẫn không thể mạnh hơn Nephalem và bị giết chết. Linh hồn của 7 đại ác quỷ thoát ra ngoài trong khi Black Soulstone đã vỡ nát. Thế giới lại quay về nguy cơ cũ khi 7 đại ác quỷ trở lại chỉ là vấn đề thời gian.
Tyrael nhận thấy vẫn còn hy vọng là Nephalem với sức mạnh lấn át cả tam giới nhưng lại lo ngại rằng cuối cùng thì người anh hùng này vẫn chỉ là 1 con người. Mà trái tim con người thì dễ bị tha hóa nên không biết đây sẽ là phúc hay là họa về sau.
